代表大会——协会每五年召开一次会员代表大会。代表大会制定、修改协会《章程》；制定、修改并作出《会员会费收取标准》决定；审议并通过理事会工作报告和财务收支报告；选举产生理事会。

    理事会——现为第四届理事会，有59家理事单位组成。理事会选举产生常务理事（20人）、会长（1人）、副会长（15人）、秘书长（1人）；理事会负责聘任副秘书长和分支机构负责人。

    秘书处——区协会常设办事机构为秘书处。秘书处设有办公室、组织联络部、经营指导部、宣传培训部、财务室。秘书处的主要工作是负责协会的组织机构建设、会员发展联络、企业创业辅导、经营管理诊断、业务技能培训、先进推荐评比、协会形象策划和宣传、政府部门和其他社会组织的沟通交流协调、组织会员开展各种交流活动等。

    基层协会——区协会建有6个基层协会，按照行政区划分别为朝晖基层协会，地址新市街105号二楼，电话85231535，传真85231697，会长汤杰、秘书长吴刚。长庆基层协会，地址青云街27号，电话87222870传真87222870，会长朗儒伟，秘书长顾文慧。艮山基层协会，地址流水东苑3幢，电话85457304传真85457309，会长蒋勇，秘书长林莉。东新基层协会，地址东新路616号，电话85373438传真85354265，会长叶新，秘书长周勇。天水基层协会，地址狮虎桥路8号六楼，电话85055870传真85055870，会长孙其刚，秘书长张鲁。石桥基层分会，地址回龙路307号，电话85839228，传真85839222，会长张浩，秘书长郑骅。

    分支机构——区协会设立了2个“中心”：“会员培训中心”和“维权服务中心”及其法律援助工作站。建有2个行业分会——印刷行业分会，会长陈建祥；房地产中介服务行业分会，会长黄优儿。

总体情况——杭州市下城区民营（私营）企业协会以前的名称为杭州市下城区私营企业协会，2003年更改名称为杭州市下城区民营（私营）企业协会。曾被杭州市人事局、杭州市民政局授予“优秀社团”的称号，被中国个体劳动者协会授予“全国基层个私协会建设先进单位”。2011年度有会员企业约5858家。